INTRODUZIONE
La spettrometria di massa ha ormai assunto un ruolo centrale nell’analisi di molecole di interesse biologico. Nel caso dell’analisi di miscele complesse di proteine, essa è ormai da tempo la tecnologia di riferimento sia per scopi qualitativi che quantitativi. La quantificazione di miscele complesse di proteine rimane una sfida analitica notevole, nella quale l’esperienza e le conoscenze del “pilota” (il ricercatore) sono importanti almeno quanto le prestazioni della “macchina” (lo spettrometro).
Questa edizione della
La scuola è organizzata dalla DSM con il Dipartimento di Medicina Sperimentale e Clinica dell’Università Magna Græcia di Catanzaro ha lo scopo di fornire una formazione pratica e applicativa della spettrometria di massa per l’analisi quantitativa di miscele proteiche complesse. È articolata in due giorni di formazione.
I partecipanti sono dottorandi, post-doc, tecnologi e più in generale ricercatori con interessi nell’ambito delle Scienze Biomediche, i quali si sono avvicinati recentemente all’analisi proteomica, o che prevedono di dover effettuare esperimenti di analisi proteomica quantitativa in futuro.Il primo giorno comincerà in laboratorio, con l’avviamento della digestione su biglie magnetiche (protocollo SP3/PAC), e proseguirà con una trattazione teorica dell’analisi proteomica mediante spettrometria di massa (proteomica shotgun, nanoLC-MS/MS, principali approcci all’analisi quantitativa). Successivamente verrà si tornerà in laboratorio per costruire l’analisi nanoLC-MS/MS. Verrà illustrata la costruzione di un metodo nanoLC-MS/MS su uno strumento quadrupolo-Orbitrap e sarà disposta l’analisi in automatico per la notte, in data-independent acquisition (DIA) ed eventualmente anche in modalità data-dependent acquisition (DDA).
Il secondo giorno sarà dedicato all’analisi dei dati. La prima metà della mattinata sarà occupata da una sessione teorica sui software di analisi dei dati (Principalmente DIA-NN e Spectronaut), mentre nella seconda parte si procederà all’analisi dei dati acquisiti nella notte.
Il corso si chiuderà, nel pomeriggio, con una sessione ai computer riguardante l’analisi statistica su Perseus (normalizzazione, imputation, t-test con FDR).