INTRODUZIONE
La spettrometria di massa ha ormai assunto un ruolo centrale nell’analisi di molecole di interesse biologico.
Nel caso dell’analisi di miscele complesse di proteine, essa è ormai da tempo la tecnologia di riferimento sia per scopi qualitativi che quantitativi.
La quantificazione di miscele complesse di proteine rimane una sfida analitica notevole, nella quale l’esperienza e le conoscenze del “pilota”
(il ricercatore) sono importanti almeno quanto le prestazioni della “macchina” (lo spettrometro).
Questa edizione della
La scuola è organizzata dalla DSM con il Dipartimento di Medicina Sperimentale e Clinica dell’Università Magna Græcia di Catanzaro ha lo scopo di fornire una formazione pratica e applicativa della spettrometria di massa per l’analisi quantitativa di miscele proteiche complesse. È articolata in due giorni di formazione.
I partecipanti sono dottorandi, post-doc, tecnologi e più in generale ricercatori con interessi nell’ambito delle Scienze Biomediche, i quali si sono avvicinati recentemente all’analisi proteomica, o che prevedono di dover effettuare esperimenti di analisi proteomica quantitativa in futuro.Il primo giorno comincerà in laboratorio, con l’avviamento della digestione su biglie magnetiche (protocollo SP3/PAC), e proseguirà con una trattazione teorica dell’analisi proteomica mediante spettrometria di massa (proteomica shotgun, nanoLC-MS/MS, principali approcci all’analisi quantitativa). Successivamente verrà mostrata la purificazione di peptidi e l’analisi nanoLC-MS/MS. Verrà illustrata la costruzione di un metodo nanoLC-MS/MS su uno strumento quadrupolo-Orbitrap e sarà disposta l’analisi in automatico per la notte, sia in modalità data-dependent analysis (DDA) che data-independent analysis (DIA).
Il secondo giorno sarà dedicato all’analisi dei dati. La prima metà della mattinata sarà occupata da una sessione teorica su MaxQuant (Andromeda, MaxLFQ, MaxDIA), mentre nella seconda parte si procederà all’analisi dei dati acquisiti nella notte.
Il corso si chiuderà, nel pomeriggio, con una sessione ai computer riguardante l’analisi statistica su Perseus (normalizzazione, imputation, t-test con FDR).