INTRODUZIONE
La spettrometria di massa ha ormai assunto un ruolo centrale nell’analisi di molecole di interesse biologico.
Nel caso dell’analisi di miscele complesse di proteine, essa è ormai da tempo la tecnologia di riferimento sia per scopi qualitativi che quantitativi.
La quantificazione di miscele complesse di proteine rimane una sfida analitica notevole, nella quale l’esperienza e le conoscenze del “pilota”
(il ricercatore) sono importanti almeno quanto le prestazioni della “macchina” (lo spettrometro).
Questa edizione della
La scuola è organizzata dalla DSM con il Dipartimento di Medicina Sperimentale e Clinica dell’Università Magna Græcia di Catanzaro ha lo scopo di fornire una formazione pratica e applicativa della spettrometria di massa per l’analisi quantitativa di miscele proteiche complesse. È articolata in due giorni di formazione.
I partecipanti sono dottorandi, post-doc, tecnologi e più in generale ricercatori con interessi nell’ambito delle Scienze Biomediche, i quali si sono avvicinati recentemente all’analisi proteomica, o che prevedono di dover effettuare esperimenti di analisi proteomica quantitativa in futuro.Il primo giorno comincerà con una trattazione teorica dell’analisi proteomica mediante spettrometria di massa (proteomica shotgun, nanoLC-MS/MS, principali approcci all’analisi quantitativa). Successivamente sarà avviata la parte pratica, comprendente la purificazione di peptidi e l’analisi nanoLC-MS/MS. Verrà illustrata la costruzione di un metodo nanoLC-MS/MS su uno strumento quadrupolo-Orbitrap e sarà disposta l’analisi in automatico per la notte.
Il secondo giorno sarà dedicato alla marcatura TMT e all’analisi dei dati. Nella prima parte verrà effettuata una marcatura TMT e saranno illustrate le procedure per il controllo della reazione di derivatizzazione dei peptidi.
Il corso si chiuderà con una sessione ai computer nella quale verranno analizzati i dati label-free e TMT prodotti nelle sessioni pratiche utilizzando Maxquant e Perseus.